김기춘 당시 대통령비서실장은 2014년 9월19일 서울고법이 전교조의 법외노조 통보처분 효력정지 신청을 받아들이자 노동부에 대법원 재항고를 통해 판결을 뒤집으라는 지시를 내린 의혹을 받고 있다.

검찰은 김 전 실장의 이같은 지시를 하달받은 청와대 민정수석실이 법원행정처와 대응방향을 논의한 것으로 의심하고 있다. 최근 임종헌 전 법원행정처 차장의 PC에서 2014년 10월7일 작성된 '재항고 이유서(전교조-final)' 문건을 확보하면서 이같은 의심이 더욱 힘을 얻었다.

검찰은 법원행정처가 2014년 9월29일 작성한 '전교조 항소심 효력정지 결정 문제점 검토' 문건이 당시 대법원에 제출된 노동부의 재항고 이유서와 대조해본 결과 사실상 두 문건이 동일하다는 점을 확인했다.

검찰은 당시 노동부를 대리해 소송을 담당한 관련자와 변호인 등은 대법원에 제출된 재항고 이유서가 자신들이 작성해 노동부에 제출한 이유서와 전혀 다르다고 진술한 것으로 전해졌다.

김 전 실장이 대법원 재항고 인용 결정에 총력전을 주문하자 민정수석실이 법원행정처와 접촉해 재항고 논리를 가다듬어 이유서를 대신 작성하고, 이렇게 작성된 문건이 청와대를 통해 노동부에 하달돼 대법원에 제출된 셈이다. 대법원이 스스로 대법원에 재항고 이유서를 제출한 꼴이다.

검찰 관계자는 "변호인들도 조사받을 때까지는 자신들이 작성한 게 제출된 줄 알았다는 입장"이라며 "고용노동부도 대법원 재항고 이유서를 청와대로부터 전달받아 그날 그대로 접수한 것"이라고 설명했다.

한편 검찰은 법원이 사법농단 관련자 및 기관에 대한 압수수색 영장 등을 잇따라 기각하는데 강하게 반발하며 추후에도 계속 강제수사를 통해 실체적 진실을 밝히겠다는 입장을 분명히 했다.

검찰 관계자는 "대외적으로 협조하고 있다는 기조실 자료는 대부분 임종헌 USB를 통해 확보한 자료들인데, 진실 규명을 위해 진짜로 필요한 것은 재판연구관 정책실, 지원실, 양형지원실 인사자료 등"이라며 "계속 임의제출을 요청하고 있고 필요하다고 영장을 청구하는데 기조실 자료를 잘 주고 있다며 기각하고 있다"고 법원을 힐난했다.

그러면서 "강제징용 관련 자료를 제출해주고, 임의로 제출하지 못할 경우에는 합리적 이유를 구체적으로 전달해달라는 공문을 전달했다"며 "임의제출 가능성으로 계속 영장이 기각되고 있어 그 근거로 다시 압수수색 영장을 청구하기 위한 것"이라고 강경한 입장을 이어갔다.