공직선거법 151조 2항
하나의 선거에 관한 투표에 있어서 투표구마다 선거구별로 동시에 2개의 투표함을 사용할 수 없다.  <개정 2004. 3. 12.>

투표함 바꿔치기를 방지하기 위한 조항인데,
이 때문에 확진자들의 동선을 다른 투표인들과 분리했을 때 확진자들은 투표함에 접근하지 못하고 쇼핑백이나 비닐백 등 비인가된 투표함에 표를 넣게 된 것임.

이걸 방지하려면
1. 확진자와 다른 투표자의 투표시간을 완전히 분리하든가 (예: 확진자는 5일 투표 기타 투표인은 4일 투표)
2. 한시적 개정을 통해 예외조항을 신설하든가(국회 입법, 사실상 불가)
3. 동선 분리 포기하고 그냥 전부 투표함에 접근 가능하게 하든가 (질병청 지침 변경 필요).

본투표때 취할 수 있는 해결책은 3번 밖에 없을듯.
아니면 임시투표함을 좀 그럴듯하게 만들든가(추가 예산 필요).