검찰에 대한 비판은 주로 두 가지로 나뉜다. 정권과 권력에 따른 수사 중립성 위반과, 뇌물 등 청렴성 문제다. 이러한 문제가 본격적으로 불거지면서 2011년 검찰의 도덕성과, 수사중립성을 개선할 개혁안이 국회에서 나왔으나 검찰이 극렬하게 반발하면서 밥그릇 챙기기라는 또 다른 비판을 받았다. 이러한 비판은 여야를 가리지 않고 터져나왔으며, 한나라당 정두언 의원은 "국민 모두가 범인과 배후를 아는데 검찰만 모르는 사건도 한 두건이 아니었다"며 검찰의 이중적인 모습을 비판했다. 이후 검찰은 국회 사법개혁특위에 소속된 국회의원들을 뒷조사를 하여 물의를 일으켰다. 일부 의원들 사이에서는 '검찰 노이로제에 걸렸다'는 말도 나왔다.

수사권, 기소권의 남용
대한민국 검찰은 형사재판에 대한 기소권을 독점하고 있으며(기소독점주의), 재량에 따라 공소를 제기하지 않을 수 있다.(기소 편의주의) 하지만 검찰은 수사의 독립을 주장하면서도, 정권과 재벌의 입맛에 맞는 수사를 위해 수사권과 기소권을 남용해왔다는 지적을 받고 있다.
환경운동연합 대표인 최열에 대한 수사의 경우, 검찰이 횡령으로 구속영장을 청구했다 법원이 이를 기각하자 주변 사람들을 조사한 뒤 알선수재 혐의로 다시 영장을 청구하였다. 이 구속 영장이 또 기각되자 최열을 불구속 기소하였으며, 일부에서는 대운하 사업에 방해되는 환경단체의 대표를 길들이기 위한 성격이 있다고 비판했다.
2000년 6월엔 법학 교수 43명이 삼성 이건희 회장 등 에버랜드 이사진과 계열사 사장 등 33명을 에버랜드 편법증여 사건으로 검찰에 고발한 사건 역시 기소편의주의의 맹점으로 지적되고 있다. 검찰은 고발 접수 뒤 3년 반동안 기소하지 않고 담당 검사가 여러번 바뀐 끝에 2003년 12월 공소시효를 하루 남겨두고 피고발인 33명 중 에버랜드의 전·현직 사장인 허태학·박노빈 두 사람만 특정경제가중처벌법의 배임 혐의로 기소하였다. 그나마도 나머지 31명에 대해서는 제대로 수사를 하지도 않았다. 
검찰에 대해 불리한 증언을 한 증인에 대한 위증 수사 역시 문제점으로 지적된다. 2010년 한명숙에 곽영욱이 뇌물을 줬다는 의혹에 대한 공판에서, 전 총리 공관 경호인이 "8년 넘게 총리 공관에서 근무하는 동안 총리가 손님보다 늦게 오찬장에서 나온 적은 없다"며 한명숙에 유리한 증언을 하자, 검찰은 이미 증언한 증인을 대상으로 "위증 혐의로 수사"한다며 재조사를 하기도 했다.
이러한 검찰의 기소독점주의와, 기소편의주의 등 검찰이 절대권력을 갖고 있는 나라는 전세계적으로 유례가 없으며 검찰에 대한 개혁이 시급하다는 점에서는 언론과, 시민단체, 각계 인사들과 정치권에서도 꾸준히 제기되고 있다. 검찰의 이러한 권력은 검찰비리에 대한 자정능력을 갖지 못하게 하며 검찰을 견제할 공직비리수사처를 신설하거나, 기소독점주의를 완화하여 이러한 문제점들을 해결해야 한다는 지적이 제기된다. 노무현 정부는 이러한 문제를 해결하기 위해 공직자비리수사처 신설을 추진했으나 검찰을 비롯한 권력기관들과, 야당의 반대로 이루어지지 못했다. 이명박 정부도 검찰을 비롯한 고위공직자들의 문제를 파악하고 있으며, 이재오도 공직자비리수사처 신설을 추진하기도 했으나 실질적인 결과물로 나타나지는 못했다.

서류의 열람, 등사 명령의 거부에 대한 비판
형사소송법 제266조의4에 따르면, 검사가 서류의 열람, 등사를 거부하는 경우, 피고인과 변호인은 법원에 이를 명령하도록 요구할 수 있다. 하지만 현재 이 조항에는 검사에 열람, 등사의 허가를 강제할 수 있는 수단이 명시돼 있지 않기에 검사들은 이 조항을 악용해 변호인의 열람, 등사를 제한해 왔다.
이런 문제는 용산4구역 철거 현장 화재 사고에서 검찰이 경찰 관계자에 대한 3000여쪽의 기록에 대한 열람, 등사를 거부하면서 더 명확히 드러났다. 결국 항소심에서야 용산 참사의 유족들이 서울 고등법원에 김석기 전 서울지방경찰청장에 대해 낸 재정신청 과정에서 공개 요청이 받아들여져 검찰의 수사 기록 3000여 쪽이 공개됐다. 하지만 경찰과 검찰은 이에 반발해 재판부 기피 신청을 냈고, 결국 고등법원 형사부와 대법원에 의해 기각되었다.

편파 수사
검찰총장의 임명권이 대통령에게 있기 때문에 검찰 조직이 권력에서 벗어날 수 없다는 비판이 있으며, 그에 따라 정권마다 다른 성향의 대통령에 맞춰 수사 원칙이 바뀐다는 지적도 받는다. 이명박 정부들어서는 노무현 수사와 2008년 촛불시위 수사, 무죄 판결이 났던 정연주 수사, 미네르바 수사, 피디수첩 제작진에 대한 기소, 한명숙 수사, 김상곤 경기도 교육감에 대한 수사가 있다. 노무현 전 대통령에 대한 수사는 구속 여부를 신속하게 결정짓지 않아 전직 대통령에 모욕감을 주었다는 비판이 제기됐다. 특히 이중 한명숙에 대한 수사는 거짓증언과 함께 1시간만에 짜맞췄다는 증언이 나오면서 검찰의 광범위한 수사 조작 논란이 불거지기도 했다. 이렇게 노무현 등 이전 정권과 관련된 인사들은 혐의가 없음에도 무리한 수사를 하고 있지만, 정작 이명박의 측근들에 대한 수사는 지지부진하여 정치 검찰의 현실에서 벗어날 의지가 없다는 비판이 제기된다. 대표적으로 천신일과, 한상률, 국무총리실의 민간인 사찰 사건 관련 청와대 관계자 조사 등이 대표적으로 지적된다. 또한 미네르바의 잘못된 주장에 대해서는 기소를 하며 강력 대응한 것과는 달리 미네르바에 대한 잘못된 보도를 2개월에 걸쳐서 특종보도를 했던 신동아에 대해서는 아무런 기소나 수사조차 하지 않은 점은 검찰의 대표적인 수사원칙에 대한 모순으로 꼽힌다. 이러한 검찰의 태도는 2010년에도 변하지 않았다. 민주당 이춘석 대변인은 BBK, 천신일, 라응찬, 민간인 사찰 등의 예로 들며 새로운 증거가 계속 나오고 있지만 재수사만은 못하겠다는 태도 등을 들어 "검찰이 사실상 손을 놓은 수사가 한둘이 아니다"라고 비판했다. 이후 서울 G20 정상회의에 앞서 포스터에 쥐 그림을 그려넣은 사람에 대해서도 검찰이 강도 높게 수사하고 압박을 했는데, 법원 판결에 의해 풀려났음에도 불구하고 검찰은 집요하게 수사를 계속하여 역시 정권 눈치보기식 수사가 아니냐는 의혹은 여전하다. 이에 대해 한나라당 홍준표 최고위원은 "수사에서 공정성을 이루고 있는가, 그것은 이 정부가 반성해야 될 문제"라고 비판했다.
대검 중수부에 대한 비판과 함께 존폐 논란도 꾸준하다. 2011년 6월 국회 법사위에서 중수부 폐지가 합의되자 검찰은 강력히 반발하며 수사중인 사건을 중단하기도 했다. 이에 대해 정치권은 검찰의 본분을 망각한 직무유기라며 맹 비난했다. 중수부는 그동안 권력에는 칼을 들이대지 않고 자신의 출세 의욕에 의해 편파수사를 한다는 비판을 받아왔기 때문에 이에 소속된 검사들의 반발은 극심했다.

재벌들과의 뇌물 수수 의혹
검찰이 기업이나 재벌들에게 뇌물을 받는다는 의혹과 비판도 있다. 2007년 김용철이 폭로한 삼성 비자금 관련 폭로 사건으로 인해 검찰이 재벌들에게 전방위적으로 뇌물을 받았는지에 대한 논란을 불러 일으켰다. 이러한 뇌물들은 소위 '떡값'이라는 명분으로 제공되었다는 주장들이 제기되었으며 이를 두고 '떡값을 받은 검찰'이라는 의미로 떡검이라 부르기도 한다.

스폰서와의 성접대
2010년 4월 19일 MBC PD수첩은 검찰과 스폰서간의 성접대에 대한 내용을 취재하였다. MBC에 의하면 건설업자 등에게 수십년간 성접대를 받아왔고, 이는 검사장들을 비롯한 고위직들까지 포함되어 있었다고 하였다. 이로 인해 검찰은 2007년 삼성 법무팀장을 지낸 김용철 변호사가 삼성비자금을 폭로해 얻은 '떡검'이란 불명예에서 이번에는 '섹검'이란 타이틀로 네티즌들의 비난을 받게 됐다. 이후 별도의 진상조사위원회를 구성하여 조사를 하였으나 기소된 검사는 단 한 명도 없으며 이번 사건의 핵심인 박기준 검사 등도 해임이 아닌 면직 처분을 권고함으로써 자기 식구 감싸기 아니냐는 비판이 제기되었다. 노무현 대통령 수사 당시 포괄적 뇌물수수죄를 적용하여 대가성이 있을 것이라며 압박 수사하였던 것과 달리 이번 사건에서 뇌물을 제공하였다는 증언을 무시하며 증거 부족으로 기소하지 않고 대가성도 없다고 판단했다. 그러나 정작 제보자에 대해서는 팔순 노모의 친구까지 계좌 추적을 하여 자정기능은 커녕 보복수사 논란까지 일기도 했다.
이러한 부실 수사 논란 가운데 국회에서는 권력과 분리된 기관에서의 수사가 필요하다는 공감 아래 스폰서 검사 사건을 수사할 특검법이 통과되었다.
건설업자 정모씨는 성접대 거절한 검사 5%도 안되었다고 밝혔다.

승용차 뇌물 사건
2010년 특임검사팀은 이날 특정범죄 가중처벌법상 알선수뢰 혐의로 구속된 정모 전 부장검사, 정 전 부장에게 고가의 승용차를 제공한 S건설 김모 사장을 기소했다. 정 전 부장은 김 사장의 고소사건 편의를 봐준 대가로 3400만원 상당의 그랜저 승용차를 받고 자신이 사용하던 시가 400만원대 중형승용차를 김씨에게 준 혐의를 받고 있다. 특임검사팀은 김씨 고소 사건을 처리한 도모 검사실의 최모 수사관(계장)도 2008년 김씨로부터 두 차례에 걸쳐 1000만원을 받은 혐의로 불구속 기소했다. 강 특임검사는 "정 전 부장과 김씨 등 사건 관련자들이 사실관계를 다 인정해 공판에서는 법적인 평가만 진행될 것"이라며 "법률적 다툼이 크지 않아 재판이 오래 걸리지 않을 것으로 예상된다"고 밝혔다. 이어 "검찰 내부기준으로 정 전 부장을 사법처리하면 '제식구 감싸기'라는 비판이 제기된다"며 "이번 사건은 철저히 객관적 기준에 맞춰 징역 5년 이하인 '알선수재'가 아니라 5년 이상인 '알선수뢰' 혐의로 정 전 부장을 기소했다"고 설명했다.

평가
2009년 검찰에 대한 신뢰도를 조사한 결과 10점 만점에 4점 가량의 낮은 점수를 받았으며, 국민의 47.1%가 검찰을 불신한다고 대답했다