중세 독일의 한 수사는 마녀를 연금술로 해명하면 과학적 진척이 있지 않을가 고민하여 학회에 발표했지만, 당시 이탈리아같은 선진국에서는 이미 마녀따위는 미신으로 밝혀졌기 때문에 철저하게 무시당했다. 이에대한 앙갚음으로 그는 연금술과 마녀에 대해 연구에 연구를 거듭하여, 자신의 후손들이 특수한 마법의 힘을 나타낼 수 있게 하였으니, 이것이 바로 브로켄 혈족으로, 이러한 혈족의 계통을 브로켄 블러드라고 한다.

이후 몇백년이 지난 현대 일본, 독일계 일본 소년인 슈르츠 켄이치는 자신의 외사촌인 요모다 레나에게 그러한 자신의 혈족의 비밀을 알게 되고, 그들의 혈족등에 이러한 초인적인 힘을 악한 힘으로 악용하는 자들에 대하여 알게된다. 순간 악한 혈족이 공격해오고, 부상당한 자신의 '외종생질녀(外從甥姪女)'(외사촌 누나의 딸)[3]나 여동생이 싸우는 것을 보지 못하여 자신이 용감하게 마법소녀로 변신하여 싸우게 된다.