오유 아이디가 없어서 새로 글을 적습니다.

skyboost 버젼이 안맞아서 생기는 증상이랑 비슷하게 보이는데(즉 모드 문제)
스카이림 폴더에서 동그라미 친 부분, 즉 폴더 빼고 다 삭제한 다음에 무결성 검사 하시면 해결되는 문제였습니다.
제가 좀 더 빨리 글을 썼더라면 재설치까지 안해도 되었을텐데... 죄송합니다.

참고로 1.4 버젼부터 skyboost로  성능향상 되던 부분이 공식적으로 지원됩니다.