본작은 전작 파에서 14년 뒤의 이야기로서 불완전한 서드 임팩트로 큰 피해를 입은 세계가 배경. 이럼에도 불구하고 마리, 아스카, 신지가 나이를 안 먹는 건 에바의 저주인 듯. 

처음은 우주에서 전투를 펼치는 아스카, 마리의 에바 2호기, 에바 8호기로부터 시작한다. 아스카는 근접전투, 마리는 엄호하여 초호기가 탑재된 십자가모양의 상자를 회수하려고 하지만 그것은 제 11사도도 같이 탑재된 물건이었다.

네르프는 공식적으로는 해체 됐지만 실은 여전히 존재하며 제레의 주도 아래에 포스 임팩트를 일으키려고 하는 것이 목적. 초호기와 신지는 월면에 상자와 같이 봉인되어 있다가 미사토 일행에게 구출. 그런데 상자를 까보니 초호기말고도 사도도 들어있어서 상자에 붙어있던 아스카가 죽을뻔했다.[8] 

침대에 구속된 신지, 여러가지 조사된후 미사토 등을 다시 만나게 되어 기뻐하여 눈물을 흘린다. 나디아의 노틸러스테마가 울리면서 전함 분더가 부상[9], 이후 바다속에서 사도가 나오고 신지를 전투에 참가시켜주지 않아서 갈등이 일어난다. 

그를 구한 조직의 이름은 will-e[10]. 파의 마지막에서 아카기 리츠코가 언급했듯이 제10사도(제르엘) 사건은 서드 임팩트로 기록되어 서드 임팩트를 일으킨 원인으로 지목된 네르프는 정부에 의해 해체되고 네르프 직원들도 역시 유폐되었다. 에바초호기는 상자에 갇혀 달로 옮겨진다. 그리고 14년후. 겐도와 후유츠키를 제외한 원래 네르프직원들은 조직을 결성하는데 명목상으로는 붉게 물든 바다를 푸르게 만드는 집단이지만 사실 겐도의 포스 임팩트를 막기위해 미사토가 결성한 조직이었던 것이다.

이쪽의 주력은 에바 2기와 전함 분더. 45세의 카츠라기 미사토 대령이 분더의 함장. 등장할 때 음악은 나디아의 노틸러스 테마.[11]

스즈하라 토우지[12]의 여동생인 스즈하라 사쿠라(성우는 사와시로 미유키)도 여기 소속, 본작의 신캐릭터 중 하나이다. 이 외에도 신캐릭터가 많이 나온다. 아스카, 마리는 빌레 소속으로 조직에서 아스카의 통칭은 '공주 (히메)[13] 마리도 아스카를 이렇게 부른다. 마리나 아스카는 신체 나이는 그대로지만 정신적으로는 14년의 세월을 그대로 보낸듯.

이후 아스카에게 심한 말을 듣고[14], 자신이 원망받고 있는것같다고 느껴 눈물을 흘리는 신지. 또 미사토가 자신에게 누르면 터지는 폭발 십자가 목걸이를 준것을 알고 다시 눈물을 흘린다. 이후 레이가 등장하고 에바 9호기[15]가 등장, 카오루의 인도로 따라 레이와 함께 네르프로 도주. 네르프 측 파일럿은 카오루, 레이, 신지이며 네르프측 사령관은 겐도, 후유츠키이다. 하지만 다시 만난 레이가 자신이 구한 그 레이가 아닌것을 깨닫고 신지는 다시 절망하지만, 자신에게 카오루가 친근히 다가오고 친해져 피아노도 같이 치며 친해지게 된다..[16]

초호기에서 나온 신지는 14년이 지났단 사실과 레이의 비밀[17], 서드 임팩트 이후의 세계가 어떻게 되었는지(카오루에 의해 누설)를 알고 절망하지만 카오루는 2개의 창과 에바 13호기가 있다면 세계를 원래대로 되돌릴 수 있다며 신지를 위로한다. 이후 둘은 13호기에 탑승한다. 13호기는 더블 엔트리플러그 시스템으로 2인승이다.

중간에 신지, 카오루, 레이 VS 아스카, 마리의 전투신이 있다. 아스카가 코드 777을 사용해서 비스트 모드 발동, 레이는 분더에 침식을 시도하지만 2호기의 자폭으로 실패(둘 다 탈출에 성공한다)[18]

카오루와 신지, 레이는 롱기누스의 창과 카시우스의 창을 뽑기 위해 움직이며 창은 에바 마크6과 리리스에 꽂혀 있었다[19].신지는 창을 뽑으면 모든 것이 원래대로 돌아갈 거라고 생각하고 그 시점에서 이것이 낚시임을 눈치챈 카오루의 만류에도 불구하고 뽑아버린다. 그러나 사실 두 창 모두 롱기누스의 창이었으며 포스 임팩트가 발발, 마크6가 사도의 핵으로 돌변하고 13호기를 흡수. 그 결과로 13호기가 촉발제가 되서 포스 임팩트의 열쇠가 된다. 결국 전함 분더에 있던 초호기가 포스 임팩트를 일으키려고 하고, 이를 막아야 한다고 생각한 미사토는 신지의 목걸이에 장착한 폭탄으로 임팩트를 막으려 한다.

하지만 죽은것은 신지가 아니라 카오루, 이는 네르프로 귀환했을 당시 멘붕한 상태였던 신지가 안간힘 써도 안빠지던 폭탄 목걸이를 카오루가 빼서 자기 목에다 찼고 그걸 본 신지가 에바 13호기를 타려고 결심했던 것 때문이었다. 카오루는 굉장히 처참하게 죽는다. 신지랑 같은 콕핏에 있기 때문에 신지의 눈 바로 앞에서 파열[20]. 이후 신지는 멘붕. 그리고 포스 임팩트는 중지된다. 이 짧은 순간에도 인류의 대부분이 사망했지만, 분더의 크루들은 어찌저찌 무사한듯.

마지막에 살아남은 신지와 아스카, 그리고 레이가 같이 걸으면서 끝. LCL범벅이 된 세계에서 충격먹고 정신줄을 놓은 신지에게 아스카가 "어쩔 수 없다니까 바보 신지." 라는 말과 함께 엔트리 플러그 뚜껑 뜯은 뒤에 자폐아 모드로 웅크려 앉아있는 신지 엉덩이를 한방 차서 굴리고 '이번에도 또 안 구해주네?'[21]식으로 말한다. 이후 강제로 끌어내서 서는건 니 혼자 똑바로 하라고 입술도 잡아당기고 어린애 끌고 가듯이 하다가 탈출한 레이가 나타나니 '여기는 LCL 수치가 높아서 여기 있어봤자 아무도 구하러 안오니 이동하자'는 식으로 신지, 레이와 함께 가면서 끝. 참고로 포스 임팩트는 저지했지만 인류 대부분은 절멸한다(...).

레이의 비중은 상당히 낮은 편이며, 카오루와 아스카가 메인이다. 신지와 카오루의 BL 장면이 많다. 이번에 나오는 레이는 파에 나온 레이와 다른 인격으로, 작중 후유츠키 코조의 입을 통해 파에 나왔던 레이는 초호기와 융합되어 '유이와 함께 있다'고 언급된다. 신지는 처음에는 이 몇 번째인지조차 알 수 없는 레이를 자신이 구하려 노력했던 레이라 생각하고 마음을 열고 살갑게 대하나, 계속되는 레이의 냉대와 감정 없는 껍데기와도 같은 모습에 몹시 슬퍼하며 절망하게 되며, 반대로 자신에게 다가와주는 카오루에게 깊이 의지하게 된다.

카지, 토우지, 켄스케, 히카리 등은 이름은 언급되나 모습을 비추지 않으며 카오루가 겐도를 '리린의 왕' 이라고 부른다. 신 캐릭터 성우는 사와시로 미유키, 이세 마리야, 오오츠카 아키오. 나디아의 BGM이 많이 재탕되었다.

새로운 기체로는 신지와 카오루가 조종하는 에바 13호기, 레이가 조종하는 에바 마크 9 - 별칭 아담스의 그릇, 마리가 조종하는 에바 8호기, 아스카가 조종하는 에바 이호기 改 등이 나온다. 13호기는 복좌식에 눈이 4개이며 판넬 같은 걸 사용.9호기는 사신의 낫이 무기.