「조선기독교도는 황국신민으로 이상 제(諸)행사를 충성스럽게 행하여야 할 것이요 행하지 않으면 안될 것이다. 황국신민의 의무와 행사를 행하는 것과 종교를 신앙하는 신심과 하등의 틀린 점이 없는 것이다. -생략- 그러므로 황국신민으로 국가의 선조를 숭배하는 신사참배 곧 예배하는 것이 당연한 일이요 이론할 필요가 없는 것이다.」라고 신사참배를 지지하였다.
감리교회는 이미 총리사가 <신사문제에 대한 통첩>에서 “신사의 봉사는 종교가 아니다‘ 라는 공문으로 신사참배를 묵인하였으므로 이 두 가지 사건은 한국교회에 커다란 영향을 주었다.
1938년 2월 9일에는 전국에서 교세가 가장 강한 평북노회가 노회장 김일선에 의해 소집되어 선천에서 모였다. 이 회의에서 일제의 강요에 의해 신사참배를 논의한 결과 ‘신사는 국가의식’ 이라 하여 참배를 결의하였으며, 총회에 상정하기로 하였다.
이러한 고무적인 현상에 자신감을 얻은 일제는 가장 강하게 신사참배를 거부하고 있는 장로교 총회에 대하여 신사참배 수용을 총회에서 결정하도록 방법을 모색하였다. 일제는 <평양기독교친목회> 지도인물 오문환, 이승길, 김응순, 장운경 등을 1938년 5월에 일본에 다녀오게 하는 회유책을 썼으며, 6월에는 일본기독교 의장 도미다(副田滿)을 초청하여 평양시내에 있는 유력한 교회지도자들을 집합시켜 신사참배 강연을 듣게 했다. 그리고 평양 기독교친목회를 통하여 신사참배 결의에 성공할 수 있도록 조종하였다. 또한 주기철, 이기선, 김선두 목사들을 사전에 검속(檢屬)하였다.
이러한 상황에서 1938년 9월 9일, 제 27회 총회가 평양 서문외교회에서 열렸다. 회무중(會務中) 평양, 평서, 안주 삼노회 대표 박응율 목사가 “신사참배는 국민의 당연한 의무” 라고 하면서 참배 결의와 성명서를 채택을 제안하자 한국과 함께 살아왔던 장로교가 ‘신사참배는 기독교 신앙에 위배되지 않는다’ 는 결의20)를 하였다.
「아등은 신사가 종교가 아니고 기독교 교리에 위반하지 않은 본의를 이해하고 신사참배가 애국적 국가의식임을 자각하여 이에 신사참배를 솔선하고 추이 국민정신 총동원에 참가하여 비상시국하에서 통후(統後) 황국신민으로서 적성(赤成)을 다하기로 기함.」
결국 한번 굴복하기 시작한 한국교회는 기관, 지도자 할 것 없이 붕괴되어져 갔다. 1939년 6월 8일 전북노회는 전주 서문외교회에서 외집하여 신사참배를 결의하고 교역자 등 150여명이 전주신사에 참배했다. 동년 9월 27일에도 진주의 27개 교회가 일제의 신사참배 강요에 굴복하였다.
그러나 한편에서는 신사참배 결정과 행동에 대해 강한 반발이 일어났는 바, 장로교총회중 크로더스 목사외 25명의 연서로 “총회의 결의는 헌법에 위배된다.” 는 항의 등이 거세게 일어나자 이에 당황한 일제는 1940년 7월 신사참배 반대자들을 전국적으로 일제히 검거하여 검거한 수가 2,000여명이나 되었고, 50여명이 순교하고 나머지는 해방후 풀려났다.
감리교회에서는 목사직을 파면, 면직, 정직, 강제로 사임케 된 목사들이 50여명 있었다.
이러한 신사참배 거부운동이 강하게 나타나자 「청년」지 주필인 강백남은 <조상숭배는 우상숭배가 아님> 이라는 글을 발표한 바, 「근래에 국가의식 즉 신사참배로 말미암아 조선교회에 막대한 동요가 있었음은 부인하지 못할 사실」이라고 전제한 후, 「-생략- 기독교인은 그러한 의미에서 참배함은 절대로 아니요, 국가의식에 국민의 의무로서 참배함이 당연할 줄로 각오(覺悟)하고 시인한 즉 양심이 평안하고 충군 애지심국(愛之心國)이 날이 감을 따라 두터워 집니다. 그런 즉 신사참배하는 일을 우상숭배라고 한다면 이는 불경죄에 가깝다고 말하여 둡니다.」라고 신사참배를 지지하였다.
결국 1938년 27회 장로교총회에서의 신사참배 결정과 김종우․ 양주삼(감리교대표), 김기찬․홍택기(장로교 대표), 이명직(성결교 대표) 등이 한국교회를 대표하여 일본에 건너가 신사참배 하므로 신사참배 논쟁은 일단락 되고 이후부터의 한국교회는 집회나 행사 때 마다 신사참배를 국가의식의 일환으로 실시하였다.
고로 교회의 최고 상회기관인 총회에서는 신사참배를 매 총회 때마다 시행하여, 중요한 집회에서도 신사참배를 하므로 한국교회는 완전히 일제의 신사참배 정책에 협조해 가는 모순을 낳았다.
이후, 새로운 단계의 신사참배의 형태로 변하는바, 적극적이고도 다양한 방법, 참배자의 수가 대폭적으로 늘어났다.
일제는 1940년 7월 30일 부여신궁을 건설하기 시작하였는 바, 국체명징(國體明徵)과 내선일체의 선전을 목적으로 한 것이다. 총독 미나미(南次郞)은 내선일체의 역사가 멀리 백제시대에 소급한다고 해서 <일선동조동근론>을 주장하여 백제와의 교섭이 깊었다는 응인천황, 제명천황, 천지천황, 신공황후의 영을 모시게 하였다.
이 신궁 건설에 한국 지도자들을 노력 동원케 하는 일제의 의도는 노력 동원으로 작업의 큰 진전을 얻으려는 것이 아니라 정신적인 면을 노렸다는 점이다. 1941년 6월 17일 국민총력 조선야소교장노회총회연맹이사장(朝鮮耶蘇校長老會總會聯盟理事長) 이름으로 부여신궁 근로봉사단원 모집에 관한 공문을 각 노회대표 앞으로 보냈고 동년 10월 30일 서울역을 출발하여 다음 날 7시 부여에 도착하여 노동봉사를 하였다. 여기에 참여한 근로봉사대원은 경성노회외 22개 노회에서 대표로 참석한 김형준회 73명 이었다.
감리교 또한 1941년 10월 9일 경기교구를 대표하여 27개 교회가 노동봉사대원 51명을 신궁 건설에 참여케 하였고 1941년 1021일 교단연맹이사회에서는 5개 항목을 결의하여 각 교구와 교회에 하달한 내용 중에서 경기교구외 다른 교구의 목사, 신도대표 각 4, 5인씩을 근로봉사 할 것을 지시하였다.
1943년 3월 3일에는 장노회총회 대표 김종대 등이 일본기독교 제 1회총회에 참석하여 윤세신궁을 참배하였다. 이어 5월 11일 의산노회 소속 교직자들이 중심이 되어 28명이 일본으로 성지참배를 떠나므로 한국교회의 신사참배는 절정에 다다랐다.
