선관위는 우선 "우리 선관위는 투․개표 전 과정을 투명하게 공개하기 위하여 정당과 후보자 측에 참관인을 빠짐없이 추천해주도록 요청한 바 있다"며 "투표함 설치부터 투표 종료 시까지 전 과정을 참관인들이 지켜보았다. 또한 일부에서 제기하고 있는 투표함 부정에 대한 우려를 불식시키기 위하여 투표함에 전자 칩을 부착하였고, 투표소에서 개표소로 투표함을 이동할 때에도 이를 꺼려하는 참관인들의 동행을 유도하기 위해 교통비를 별도로 지급하기까지 하였다"고 밝혔다. 

선관위는 이어 "개표과정에서도 법적으로 허용된 참관인 수보다 더 많이 추천하도록 해 투표지분류기당 1명씩 참관할 수 있도록 했다"며 "투표지분류기는 온라인으로 직접 연결이 되어 있지 않다. 따라서 투표지분류기의 개표결과를 직접 온라인으로 전송할 수 없으며 해킹 또한 원천적으로 불가능하다"고 강조했다. 

선관위는 또 "투표지분류기의 운영프로그램을 공개․검증하고 보안시스템 마스터키 생성권을 국회 제1당과 제2당에 할당하는 등 보안을 강화했따"며 "무엇보다도 투표지분류기의 집계 결과는 최종 결과가 아니며 이를 심사집계부와 위원 검열석에서 육안으로 재차 대조․확인하고 이 과정을 개표 참관인이 확인하므로 투표지분류기를 통한 조작은 한 마디로 불가능하다"고 말했다.

선관위는 또한 "개표결과의 전송 또한 수작업으로 선관위 전산망을 통해 전송하기 때문에 해킹이 불가능하다"며 "특히 개표결과를 전산망으로 전송하기 전에 해당 개표소에 있는 참관인과 기자들에게 이를 배포하고 개표소 게시판에도 부착하여 선관위 홈페이지에 있는 개표결과와 대조․확인이 가능하도록 했다. 이 모든 개표 과정을 정당이나 후보자측 참관인들이 지켜보았다"고 강조했다. 

선관위는 "개표업무 종사자들은 공무원, 교사와 정당원이 아닌 일반인으로 구성되어 있다. 그 숫자도 3만 9천여 명에 이른다. 이러한 시스템 속에서 어떻게 개표부정이 가능할 수 있겠는가"라고 반문한 뒤,"오히려 이와 같은 주장은 법에 따라 엄정하게 개표사무를 처리했던 분들의 명예를 심각하게 훼손하는 행위라 아니할 수 없다"고 비판했다.