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군 수뇌부들이 북한제 추정 소형 무인항공기 침투 상황을 제대로 파악하지 못했던 것으로 나타났다. 이런 군의 난맥상은 국가정보원이 정보를 통제했기 때문이라는 지적도 나왔다.조보근 국방정보본부장은 9일 국회 국방위에서 "파주 무인기가 최초 발견된 3월24일부터 27일까지 진행된 1차 지역합동정보조사팀 조사의 간사를 국정원이 맡았다"고 밝혔다. 이어 "무인기 조사가 지역에서 중앙합동정보조사팀으로 넘겨진 것은 국정원 결정"이라며 "혼란을 초래할 수 있어 간사 기관이 상부 보고를 통제했고 나도 4월2일에야 보고받았다"고 말했다.김관진 국방부 장관도 언론 보도가 나온 4월2일까지 "무인기에 대해 아무런 보고를 받지 못했다"고 밝혔다. 김 장관은 "국무총리나 청와대 역시 그 기간에 보고를 받지 못한 것으로 안다"고 말했다. 새정치민주연합 진성준 의원은 "국정원 (정보) 통제 때문에 정상 보고가 되지 않은 것 아닌가"라고 지적했다. 김 장관은 "규정과 절차대로 진행했으며 북한 소행이 확실시되더라도 신중을 기한 것"이라고 답했다.
하지만 오후에 출석한 이재수 국군기무사령관은 "최초 조사 시 기무사가 간사를 맡았다"고 밝혔다. 조 본부장도 "앞서 말씀을 잘못 드렸다"고 말을 바꿨다. 김 장관 역시 오전과 달리 "지역에서 중앙조사로 넘어갈 때 사유에 대해 보고받았다"고 말했다.
진 의원은 "군 수뇌부들의 이런 모습에는 곡절이 있는 것 같다"며 "국정원이 대통령 해외 순방 중 일어난 영공 방어 구멍을 숨기려 한 것으로 보인다"고 말했다.