고등학생 한 명이 학교에서 정한 예배를 거부하고 시위를 해 제적이 되었다. 이는 명백히 종교의 자유를 침해한 것이다. 현재 수도권을 비롯 각 대도시에서 시행하고 있는 고교평준화로 중학교 졸업생은 인문계 진학하는 자들에 한해 지역별 추첨제를 실시하고 있다. 인문계 고등학생들에게는 학교선택의 기회가 없다. 그럼에도 불구하고 종교를 학생에게 강요하는 것은 온당치 않다.
고등학교뿐만 아니라 대학도 문제가 있다. 대학은 선택해서 들어가는 것이긴 하지만 학교에서 종교를 강요한다면 종교가 없거나 다른 종교를 믿는 수험생은 선택의 폭이 좁아진다. 이것은 평등권에 위배된다. 채플이라는 과목이 개설해 학생 종교 활동을 하는 것은 가능한 일이지만 교양필수로 둬 졸업을 시키지 않거나 학점을 깎는 일 또한 잘못된 일이다.
종교의 자유는 종교를 믿음으로써 받는 일체의 부당한 탄압에서 보호하기 위해 만들어 진 것이기도 하지만 종교를 믿지 않음으로써 받는 탄압으로부터도 보호하기 위한 것이기도 한다.