그러나 김이수, 이진성 재판관은 박 전 대통령이 성실 의무를 위반했다며 보충 의견을 냈다. 보충 의견은 다수 의견과 결론은 같으나, 논리적 과정이 다를 경우 밝히는 의견이다.

이들은 "피청구인은 사고의 심각성 인식 시점부터 약 7시간이 경과할 때까지 별다른 이유 없이 집무실에 출근하지 않고 관저에 있으면서 전화로 원론적인 지시를 하였다"며 "위기에 처한 수많은 국민의 생명과 안전을 보호하기 위한 심도 있는 대응을 하지 않았다"고 지적했다.

이들 재판관들은 국가 위기 상황에서 대통령이 직접 구조 활동에 참여할 의무가 발생하기 어렵다고 한 다수 의견과 달리, 대통령이 상황을 지휘하는 것은 상징적인 효과와 더불어 실질적인 효과를 갖는다고 했다.