1944년 정보장교로 필리핀의 루방 섬에 취임하게 된다.


취임 후 장기항전체제의 준비에 노력했지만
섬 안의 일본군은 미군 상륙 후 간단히 돌파당해 산간등지로 달아났다.
그는 지원군도착을 기다리며 부하들과 함께 게릴라전을 펼쳤다.

얼마안가 1945년 2월 연합군이 루방 섬 전체를 점령하면서
대부분의 일본군은 포로로 잡히거나 전사하였는데,
이때부터 약 29년동안 혼자 정글에 숨어서 "전쟁"을 수행하게 된다.


일본당국에서는 1950년 이후 해마다 각계 각층에서 루방섬을 찾아가
"일본으로 돌아갑시다. 내 목소리가 들립니까?"라고 부르면서 그를 찾았지만
정작 본인은 미군의 함정으로 알고 접근마저 거부했으며,
약 30명이상의 루뱅섬 원주민들을 주이고 가옥 들을 불태웠다고 한다.
 

1965년에는 마을 원주민으로부터 라디오를 약탈하여
직접 패전을 비롯한 모든 뉴스를 들었음에도 돌아오기를 거절했다.

1974년에 현지 수색활동을 벌이던 일본인 모험가 "스즈키 노리오"가 현지를 방문해 오노다를 만나는데 성공한다.
스즈키는 일본이 패배한 역사와 지금의 상황을 설명하고 귀국을 종용했으나
당시 오노다는 직속상관의 명령해제가 없으면 임무를 그만둘 수 없다고 말했다고 한다.


옛 직속상관이 필리핀까지 직접 건너와 귀국명령서를 건네주는 모습.

 당시 오노다는 일본군 복장을 그대로 갖추고 있었으며,
사격이 가능한 상태로 99식 소총을 정비해 놓고
500여발의 탄환과 대여섯개의 수류탄도 가지고 있는등 장비도 완벽하게 유지하고 있었다고 한다.
당시 일본열도는 "마지막 황군"의 귀환이라며 떠들석하게 그를 영웅으로 만들었다..