산업부는 답변서에서 "정부는 국민의 건강과 식품안전을 최대한 확보한다는 전제하에 과학적 근거, 국제 기준, 국익을 고려해 협상을 타결했다"며 "노 전 대통령이 2007년 4월 담화문에서 '국제수역사무국(OIE) 권고에 따라 합리적 기간에 마무리하겠다'고 밝힌 만큼, 이면합의는 없는 것으로 알고 있다"고 밝혔다. 이어 "농림부, 외교부 등 관계부처에서도 이면합의가 없었던 것으로 확인했다"고 설명했다.