“대검 공안부장직, 문재인이 비토”
고 이사장은 지난 2013년 1월 애국시민사회진영 신년하례식에서 “노무현 정권이 저에게 보복을 했다”며 “노무현 정부 5년 내내 핍박을 받다가 더럽다고 하고 검사를 그만뒀다”고 주장했다. 
그는 또 “그때 청와대에 있으면서 나에게 비토권을 행사한 사람이 바로 문재인”이라며 “문재인은 청와대 있으면서 나를 계속 비토하는 사람, 그 사람은 내가 자유민주주의를 지키려고 하는 것에 불만을 갖고 있는 사람”이라고 비판했다. 
실제 참여정부 시절 고 이사장이 핍박 받았던 것일까. 고영주 검사는 참여정부로 정권이 바뀔 시기 광주고검 차장검사였다. 2003년 3월에는 대구고검 차장검사로 발령이 났다. 그 다음에 ‘청주지검 검사장’을 지냈고 2004년부터 2005년까지 ‘대검 감찰부장’을 역임했다. 
 
2006년 1월 ‘서울남부지검 검사장’을 끝으로 검찰에서 퇴직했다. 핍박을 받았다고 하기에는 지검장, 대검 감찰부장, 검사장 등 주요 자리를 두루 거친 것이다. 
 
하지만 고 이사장은 3일 오후 기자와 통화에서 “동기들과 비교하면 (핍박 근거를) 확인할 수 있다”며 “노무현 정부가 들어서면서 검사장 17여 명이 떠났고, 동기들은 3~4칸 영전을 거듭했다”고 주장했다. 그에 비하면 자신은 사실상 좌천된 것이라는 얘기다.
 
그는 “이로 인해 후배들이 내 앞 줄에 서게 돼 검찰을 떠나려 했지만 동료들이 만류했다”고도 했다. 그는 자신이 ‘핍박’을 받았다는 사례로 강금실 전 법무부장관과의 일화를 꺼냈다.
 
그에 따르면, 강 전 장관은 고 검사에게 ‘대검 공안부장’을 맡아달라고 했다. 고 검사는 처음에는 거절했지만 나중에는 수락했다고 한다. 고 이사장은 “하지만 나중에 ‘미안하다’고 전화가 왔다. 청와대에서 비토(거부)한 것”이라고 주장했다.