한편 2005년 당시 가톨릭교회는 황우석 박사의 줄기세포연구에 대해 생명윤리 차원에서 공식적인 반대 입장을 밝혔다.

당시 정진석 추기경은 2005년 6월 4일 입장문을 내고 “황우석 교수의 연구는 인간 생명체인 배아의 복제와 인간 생명체 파괴라는 반생명적 행위를 수반하고 있으며, 연구 결과로 여성들이 생물학적 기능만 하는 도구로 전락하게 될 우려가 있다”는 등의 이유를 들어 반대 의견을 낸 바 있다.

전 국가생명위원회 위원이자 서강대 윤리신학교수인 우재명 신부(예수회)는 <가톨릭뉴스 지금여기>에, “황우석 교수의 연구는 사회적으로도, 교회적으로도 문제가 밝혀졌고, 그에 대한 책임이 남아 있는 사람이 반성이나 성찰 없이 막중한 자리에 있는 것은 맞지 않다”고 의견을 밝혔다.

가톨릭생명윤리연구소 정재우 신부는 “2005년 당시 박기영 씨의 활동을 보면, 과학적 육성에는 많은 관심을 갖고 있는 것 같다”면서도, “(그러나 생명공학분야로 들어갔을 때) 인간 생명에 대한 존중 의식이 있는가, 그리고 여성의 생명과 건강, 생명의 근본적 차원에 대한 의식은 분명하지 않은 것 같아 우려가 된다”고 말했다.