대부분의 경우 임상 전기생리학적 검사와 함께 시행되나 경우에 따라 임상 전기생리학적 검사후 다른 날 카테터 절제술을 시행할 수 있습니다. 이 시술은 국소 마취 하에 정맥내로 안정제와 진통제를 간헐적으로 주입하면서 시행하는데, 임상 전기생리학적 검사에 사용되는 카테터 외에 심장내 부정맥 발생부위를 절단하기 위한 특수 카테터를 추가로 심장 내에 위치시킵니다.
외부에서 주어진 전기적 자극에 의해 빈맥이 유발되면 카테터를 이 동시켜 발생 부위를 찾습니다. 이때 특수 카테터를 그 부위에 위치시키는데, 만일 그 부위가 심장의 좌측 부위인 경우 대퇴부동맥을 통하거나 심방 중격을 통하여 특수 카테터를 위치시킵니다. 특수 카테터에 연결된 RF 에너지 발생 장치를 이용하여, 전류를 특수 카테터를 통해 카테터와 접촉하는 심장 내 빈맥 발생 부위에 주게 됩니다. 이때 교류전류는 카테터와 접촉한 심장 내 빈맥 발생 부위 사이에서 열로 전환되어 그 부위를 절단하게 됩니다. 사용되는 특수 카테터의 말단 부위는 대개 4~6mm크기로 그 절단 부위는 아주 작아 인접한 주위 정상 조직에 대한 손상은 거의 없습니다.
그후 전기적 자극을 다시 주어 빈맥이 유발되지 않을 경우 성공적으로 부정맥 부위를 절단했다고 판정하게 됩니다.

시술후 환자의 심박동을 관찰하고 일반 병실로 옮겨 심전도를 모니터한 후 이상이 없으면 다음날 퇴원하게 됩니다. 시술후 지혈을 위하여 6시간 동안 절대안정을 유지해야 합니다. 시술이 성공적으로 된 경우 더 이상 항부정맥 약물의 복용이 필요하지 않습니다. 경우에 따라서는 한달 정도 병변 치료 부위에 혈액이 응고하여 혈전이 형성되는 것을 방지하기 위하여 아스피린을 복용하기도 합니다.

성공적으로 치료된 경우 대부분의 환자에게서 더 이상의 빈맥이 발생되지 않으나, 일부에서 다시 재발할 수 있습니다. 이 경우 비슷한 시술로 다시 치료할 수 있습니다.