1974년 천주교 원주 교구장이었던 지학순 주교가 민청학련 사건으로 구속되자, 이를 계기로 결성됐다. 이후 1970년~1980년대 대한민국의 군부독재 하에서 유신헌법반대운동, 긴급조치 무효화 운동, 민주헌정 회복요구, 광주 민주화 운동 등의 반 군사독재운동을 벌였고, 가난한 이들의 생존권 확보 운동을 지속적으로 전개했다.
그리고 1987년 6월 항쟁당시, 서울대학교 학생이던 박종철 군 고문치사 사건을 폭로하여 6월항쟁의 계기를 마련했다. 이후에는 민족의 평화통일운동, 국가보안법 폐지운동, 생명평화 운동, 북조선 주민 돕기 운동, 반전평화활동에 주력하고 있다. 2007년 10월 29일, 김용철 변호사(전 삼성그룹 법무팀장)와 함께 삼성 그룹의 비자금 조성 의혹 사건을 폭로했다.
2008년 6월 30일 천주교정의구현전국사제단은 2008년 미국소 수입 논란 당시 서울시청 앞 광장에서 집회를 갖고 국민존엄을 선언했다. 천주교정의구현전국사제단은 국가권력의 회개를 촉구하는 비상 시국회의 및 미사를 개최하고 `미국산 쇠고기 재협상'을 강력히 촉구했다.
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이런분들한테 종북빨갱이라고?
니 아버지때 니 아버지가 독재하는거 반대하고, 니까지 독재하는거 반대하니까 그냥 빨갱이로만 보이냐?