인코딩이 자꾸 멈추네요 

시리즈 파일로 10개 정도 갖고 있는 건데,
PC에 있는 것을 아이리버 동영상기기에 담아서 보려고 합니다.

그 중에서 일부 몇개 파일이 특정 구간에서 멈추고 인코딩이 진행되지 않네요 
파일마다 멈추는 곳이 각각 다르고요,
동영상 플레이어로 볼 때는 이상이 없지만,
파일 자체에 문제가 있는 건 아닐까 생각이 들기도 합니다.

혹시 이런 경우엔 어떻게 해야 하나요? 
방법이 있나요?