1. 비밀의 미션1
-여러번 플레이를 하다 보면 낮은 확률로 비밀 미션을 떠날 수 있게 된다.
-방문 섬에는 야생 포켓몬은 없다.
-봄이와 한팀이 되서 싸운다.
-봄이는 라이츄와 스왈로를 사용한다.
-마그마단, 아쿠아단 둘 중 랜덤으로 나온다.
-조무래기들과 싸우다 보면 마그마단의 경우 호걸, 아쿠아단의 경우 해조가 각각의 리더에 보고 하러 간다.
-미션 완료 후 새로이 할 수 있는 건 없지만 성호한테 '비밀스러운 곳으로 가자!' 선택지가 가능해지고 다시 미션을 하는게 가능하다.
2. 비밀의 미션 2
-최초 플레이 15일 이후 부터 낮은 확률로 미션에 떠날 수 있게된다.
-의문의 남자를 찾는 미션이다.
-섬은 기존 숲의 섬과 동일하고 미로 부분에서 남자를 찾을 수 있다.
-말을 걸면 금구슬이 너무 많다고 하나를 준다.
-금구슬은 본 게임으로 옮기는게 가능하다.
-금구슬이 많다는 것으로 봐서 미션을 여러번 할 수 있을 것으로 기대된다.
-미션 완료 후 성호의 집을 포함한 이끼시티 일부가 더 공개된다.