여당인 더불어민주당에서도 박기영 과학기술혁신본부장 임명에 대한 반대 목소리가 나오고 있다. 

손혜원 의원은 이날 자신의 SNS에 박기영 본부장의 사퇴를 촉구하는 글을 올렸다. 

손혜원 의원은 SNS 글에서 박 본부장의 과거 인터뷰를 인용하면서, '저는 (황우석) 교수님 덕분에 국민이 과학기술의 중요성을 인정했다고 생각해요. 사실 우리 과학기술자들, 그동안 열심히 일하면서도 빛 한번 못 보지 않았습니까.'라고 말한 것에 대해 "이 부분이 특히 기막히다"고 비판했다.

손 의원의 글에 누리꾼이 '여론몰이를 하지 말고 조용히 의견을 전달해달라'라고 댓글을 달자, 손 의원은 "이미 조용한 상태가 아니다. 여론 또한 충분하다"며 "이쯤 됐으면 본인이 알아서 사퇴해야 한다"고 반박하기도 했다. 

앞서 민주당 미방위 신경민 간사는 위원들에게 개별적으로 의견을 취합했고, 대부분 부적격 의견을 낸 것으로 알려졌다.