한국교회연합은 △종교나 종단·종파 간 다른 수입구조와 비용인정 범위를 어떻게 적용할지 상세한 기준이 마련돼 있지 않고 △종교단체들이 영리나 비영리 법인으로 구분되는데 비영리법인에만 과세할 경우 종교단체 간 형평성에 심각한 문제가 발생한다고 주장했다.
그러나 정부는 이 같은 주장에 대해 “과세를 시행해도 혼란은 없다”며 “핑계”라고 일축했다. ‘소득 있는 곳에 세금 있다’는 국민 개세주의(皆稅主義) 원칙을 지키면 된다는 이유에서다. 기재부 관계자는 “내년부터는 일반 직장인들처럼 소득이 생기면 원칙적으로 세금을 다 낸다고 보고 종교인들이 관할 세무서에 신고하면 된다”며 “내년부터는 종교인이면 비영리·영리법인을 가리지 말고 납세의 의무를 이행해야 한다”고 지적했다.
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