직장가입자의 건강보험료는 근로자가 연간 지급받는 보수총액으로 부과하며, 연도 중에는 당해연도의 소득이 확정되지 않아 전년도 소득을 기준으로 우선 부과하고, 다음해 3월(개인대표자는 5월) 사업장으로부터 확정된 소득을 신고 받아 보험료를 다시 산정해 4월(개인대표자는 6월) 보험료에 반영, 이미 납부한 보험료와의 차액을 정산하는 연말정산을 진행한다. 이는 매년 1월 전체 보험료 인상과는 다르다.