주의) 아는게 별로 없어서 질문이 적절하지 않을 수 있습니다. 
둥글게 알려주시면 고쳐볼게요.

기존에 사용하던 1테라 sata2 hdd가 있는데요 몇년전 컴을 새로 맞출때 그걸 저장공간으로 사용하려고 ssd128짜리만 넣었어요. 윈도우나 각종 프로그램들만 깔려고요.
그런데 그 사이에 기존 하드에 있던 자료를 노트북에서 사용하느라 나중에 연결하면 되지 뭐 하고 외장 케이스에 끼워서 노트북에 쓰다가 데스크탑에도 연결해서 쓰다가 했습니다.
데스크탑 사용빈도가 높지 않아서 그 상태로 오랜 기간 사용했습니다.
외장 케이스는 usb로 연결하고 전원은 따로 꽂는 제품이었고요.
그런데 노트북에는 계속 꽂아놔도 문제가 없는데 데스크탑은 꽂은채로 켜면 윈도우즈 부팅이 안되더라고요.
좀 귀찮지만 컴퓨터가 켜진 후에 꽂으면 문제없이 작동했었습니다.
데스크탑 저장공간이 너무 부족해서 hdd를 포맷하고 데스크탑에 끼워서 쓰려고 하는데 역시 같은 증상을 보입니다.
바이오스? 거기 들어가서 부팅옵션을 선택해주고 hdd는 부팅옵션에서 아예 뺐는데 계속 윈도우즈 부팅파일이 없다며 켜지지 않습니다.
빼면 정상적으로 켜지고요. 
혹시 이런 증상은 뭐때문인지 아시는 분들 계실까요?
검색어 키워드라도 알려주시면 많이 도움될 것 같습니다.