또 최근 발표된 2006년 우리나라의 연구개발투자는 전년 대비 13.2% 증가한 27조 3457억원으로 미국의 1/12 수준이지만 2003년(1/18)에 비해 그 격차가 크게 줄어든 것으로 나타났다. GDP 대비 연구개발투자 비율도 3.23%로 이스라엘, 스웨덴, 핀란드, 일본 다음으로 세계5위를 기록하였다.

연구개발투자 확대와 함께 투자의 효율성을 높이는데 더 많은 노력을 기울였다. 국가R&D사업 토탈 로드맵(Total Roadmap)을 수립하여 정부 R&D 투자의 중장기 전략을 제시하고, 총 사업비 500억원 이상 신규사업에 대해서는 사전타당성조사제도를 도입하는 한편, 9개 기술분야별로 전문위원회를 운영하여 과학기술혁신본부의 R&D 예산 조정·배분의 전문성을 제고하였다.

2003년부터 10대 차세대성장동력사업을 집중 육성한 결과, 휴대인터넷(WiBro) 상용서비스 등 세계적 수준의 연구성과를 창출하였으며, 선진국과의 기술격차도 3.7년(2003년)에서 2.1년(2006년)으로 단축되었다.

2005년에는 대형국가연구개발실용화사업을 신설하여 도시형 자기부상열차 등 개별부처 차원에서 실용화가 어려운 과제를 지원하고, 21세기 프론티어연구개발사업을 통해 BT, NT 등 미래 신산업분야에서 세계적인 핵심원천기술을 확보할 수 있도록 지원을 강화하고 있다.

이와 함께 미래성장동력 창출의 원천인 기초연구 투자비율을 정부 R&D 예산의 25% 이상으로 확대하였으며, 개인·소규모 기초연구에 대한 지원을 대폭 강화하였다. 또 정부 R&D예산의 지방지원비율을 40% 이상으로 확대하여 지방이 기술혁신의 주체가 될 수 있는 여건을 조성하였다.

그 결과 특허출원 건수는 연평균 11.3% 증가했고 2006년에만 약 16만3000건을 기록해 사상최고치를 기록했다. 세계 4위의 특허출원국이 됐다. 과학기술 경쟁력도 높아져 스위스의 국제경영대학원(IMD)은 2007년 우리나라 기술경쟁력을 세계 6위, 과학경쟁력을 세계 7위로 평가했다. '2007 기술무역통계조사' 결과에 따르면 특허, 상표·실용신안·디자인, 기술정보, 기술서비스 등 우리나라의 기술수출은 2006년 16.7% 늘어나는 등 매년 증가하고 있다.