네 질문대로 자바 콘솔의 화면을 삭제하고 싶습니다...
윈도우 환경이니 시스템 커맨드 cls를 인자값으로 전달하는 것은 os에 종속되서 그것 말고 완전 독립적인 방법을 고민하고 있습니다. 
그래서 제가 생각한 방법은

커서를 콘솔화면의 0,0으로 이동한뒤
공백으로 출력화면을 바른뒤, 

다시 커서위치를 0,0으로 옮기려고 합니다.  

혹시 자바에서도 커맨드 위치를 자유롭게 좌표를 통해 이동이 가능할까여? 

읽어주셔서 감사합니다.